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直肠镜检查和常规结肠镜检查都是经肛门进，但直肠镜较短、较粗、较硬，可以扩肛后进行直肠治疗。直肠镜较短，无法看到整个结肠，包括乙状结肠、降结肠、横结肠、升结肠。直肠镜经过肛门指诊润滑后进入肛门，检查前需要灌肠，防止有粪便残留。直肠镜检查时一般不需要麻醉，没有较多痛、胀不适感。直肠镜下通过扩肛，可以将内痔、外痔、直肠病变、肛瘘、直肠内开口、直肠阴道漏等直肠病变进行全面观察。直肠镜检查多数在外科进行，但随着结肠镜普及，直肠有局限性，多数已经被结肠镜取代，因电子结肠镜的柔韧度和视角也能达到治疗需求。