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透明隔囊肿是大脑发育过程中出现的结构异常，一般透明隔是大脑中部的结构，这个地方随着大脑发育会退化，然后形成透明隔，就是大脑发育过程中会出现膜的退化不全，形成囊样东西，里面的脑脊液形成一泡水，称为囊肿。在透明隔的地方，如果出现退化不全，形成囊样的水泡，称为透明隔囊肿。透明隔囊肿常见于大脑组织正常的变异，不是病变，是正常变异，就是大脑在发育过程中，本该退化的透明隔组织没有退化完全，然后形成囊性的包，里面一包水，外面有囊性的包膜，形成囊肿样的东西，称为透明隔囊肿，就是在透明隔的位置即大脑侧脑室中的部位。如果出现这种囊肿，称为透明隔囊肿。