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患者在住院治疗时应根据自身疾病情况，以及做支气管镜的作用，详细咨询医生后再决定是否有必要进行支气管镜检查。通常患者做支气管镜，是从口腔或鼻腔放入软镜，直接进入气管，再进入支气管，在下一级支气管取部分组织进行组织活检，有助于寻找肺癌、肺结核的病因。感染性疾病比如肺炎、支气管炎、真菌感染、病毒感染，可以取得病原体涂片后，通过肺泡灌洗方式，检查真菌和细菌，因为灌洗液可以做培养，观察可培养出哪些细菌。另外患者还可做NGS即第二代基因测序，从基因角度检查是否出现病原体感染，此时有必要做气管镜检查。如果患者没有咳痰能力，大量痰液积聚在肺部，做气管镜可直接抽取痰液，使呼吸道通畅。部分患者反复感染后形成痰栓，堵住支气管，可使用水通过气管镜冲洗吸出痰栓，或直接使用钳子取出痰栓。患者呛入食物和异物，也可以通过气管镜取出异物，如果肿瘤长入气管，可通过气管镜清除，包括氩气刀、电刀等各种工具，从而疏通呼吸道，挽救患者生命。