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癫痫的病因十分的复杂，但是随着医学科技的快速发展，大部分病因已经被人们明确认识。癫痫病因可以分为六大类，遗传性、结构性、代谢性、免疫性、感染性，还有病因未明的因素，遗传因素是导致癫痫，尤其是特发性癫痫的重要原因。脑部的结构异常包括先天性脑发育畸形，如无脑回畸形、巨脑回的畸形、小脑回畸形、灰质异位症、脑穿通畸形、先天性脑积水、胼胝体发育不良、蛛网膜囊肿、小头畸形、巨脑症等。而代谢性疾病如苯丙酮尿症、维生素B6依赖症、高氨血症、脑脂质沉积症等也是主要的原因，免疫性疾病，如Rasmussen脑炎以及中枢神经系统感染，如细菌性脑膜炎、病毒性脑炎、脑脓肿、真菌性脑膜炎、脑寄生虫病也是癫痫的主要原因，当然还有40%的癫痫患儿病因并不明确。