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肾结石产生的原因，可能与饮食、饮水、代谢相关。摄入的食物部分会被身体吸收，部分无法被吸收的食物会从粪便中排出。被吸收的食物可能会用作能量或应用于修复组织，但多数可能会产生代谢性废物并从肾脏排出。当饮水过少、排出较多时，可能会超过溶解度而产生细小结晶，又称为结石，结石不断累积并变成肾脏结石。在临床上较常见包括含钙结石以及不含钙结石，如尿酸结石、胱氨酸结石。随着医疗技术的发展，目前无论结石的位置、大小情况如何，患者通常可通过微创的方式将结石排出。