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便秘服用益生菌的最佳时间，进食时同服较好，原因具体如下：1、降低胃内酸度：大部分益生菌为活菌制剂，相对于酸的耐受性有限，如果与食物同服，可以使胃内酸度下降，对益生菌起到保护作用，使酸对益生菌的杀灭或者活力的影响相对较小；2、保护菌群活性：益生菌与饮食一起服用，能较大限度保存益生菌数量及活性，有利于益生菌在肠道内定植，能较好发挥益生菌在肠道里的作用。为保持益生菌的活性、数量达到最大限度的作用，与饮食同服较合理，更加有利于充分利用益生菌的药理作用。