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因为细菌可以在外环境中，也可以寄生在体表或者各种腔道，比如肠道、阴道，以及泌尿系统，还有口腔，可能都含有细菌。这些细菌如果打破了局部免疫屏障或者出现在肠道，或者其他寄生部位的菌群紊乱、局部的皮肤黏膜免疫屏障功能被打破，都有可能会引起细菌感染。细菌的感染可以是外源性，也可以是内源性，比如呼吸道感染，是引起细菌感染最多见的感染部位。呼吸道黏膜如果在受凉、受寒、淋雨、疲劳的情况下，可能会引起局部的免疫功能下降，局部的免疫球蛋白会减少，吞噬功能会下降。另外，呼吸道的纤毛系统会出现运动功能的障碍，如果有外来入侵的病原微生物，不能够及时被清除，这时就可以引起感染。对于表皮，如果皮肤黏膜有破损，寄生在表皮的表皮葡萄球菌以及大肠杆菌等，就可以引起皮肤黏膜感染。对于肠道，如果出现了正常菌群紊乱，没有被杀死的耐药细菌，就有可能过度生长而引起疾病。如果异位到其他部位，也可能会引起感染。此外，食物如果被细菌污染，进入到消化系统之内，也会引起胃肠道的感染。所以，一般细菌的感染，主要是由于抵抗力下降，一方面接触外源性细菌引起感染。另一方面是内在的细菌，可以在免疫功能低下时乘虚而入引起感染。