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抗生素是治疗细菌感染的药物，如果长时间使用或者同时使用多种抗生素，也有一些危害，具体如下：1、长期使用抗生素，可以导致细菌产生耐药性；也可以导致菌群失调，比如人体微生态系统出现损害，包括长期慢性的腹泻或急性的腹泻等；2、肝肾功能损害或者白细胞下降等；3、可以导致二重感染，将正常菌群杀死以后出现的其他细菌感染。