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精子畸形率高，可以由以下几种原因引起：1、放射检查：精子畸形率高，最常见于做放射线检查后的男性，男性在做放射线检查后，由于射线对睾丸生精上皮功能直接照射后会产生变异，会导致精子出现畸形率较高的现象；2、长期饮酒和吸烟：由于尼古丁和酒精对睾丸生精上皮有刺激，容易导致睾丸生精上皮细胞发生变性，导致精子畸形率升高；3、生殖道感染：男性发生慢性前列腺炎或精囊炎时，容易导致精子出现畸形率升高的现象；4、隐睾：隐睾的男性由于睾丸位于腹腔内，由于温度较高，会导致睾丸生成精子过程中，出现精子畸形率升高现象；5、口服棉酚：由于长期吃棉籽油，会导致睾丸生精上皮脱落坏死，会出现生精功能障碍，会出现精子畸形率高和少精症症状。