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儿童应用的阿莫西林和头孢菌素，区别主要表现在以下几个方面：1、种类不同：两种药物都属于抗菌素，对于细菌感染有控制作用，但是种类不同，阿莫西林属于青霉素类抗菌素，头孢菌素属于头孢类抗菌素；2、抗菌谱不同：阿莫西林抗菌力相对较弱，主要针对大多数的革兰氏阳性菌，还有部分革兰氏阴性菌。头孢菌素目前分为四代，对于第一代头孢菌素和第二代头孢菌素来说，主要针对革兰氏阳性球菌治疗，对于第三代头孢菌素和第四代头孢菌素，更倾向于革兰氏阴性杆菌的治疗；3、过敏反应：阿莫西林和头孢都有可能会出现过敏反应，但是阿莫西林属于青霉素类，过敏反应可能会更为强烈。