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头孢和阿莫西林同属于β-内酰胺类药物，上呼吸道感染时，通常大部分由病毒感染引起，少部分是细菌、支原体、衣原体引起。若合并鼻窦炎、中耳炎等，明确有细菌感染可选用阿莫西林或者头孢类抗生素。阿莫西林主要针对革兰氏阳性菌，对革兰氏阴性菌也有作用。而头孢分成一代头孢、二代头孢、三代和四代头孢，通常上呼吸道感染时，革兰氏阳性球菌可能更多，所以通常选一代、二代头孢即可。但一代、二代头孢更针对革兰氏阳性球菌，头孢三代、四代针对革兰氏阴性菌作用增强。故两者两个作用稍有区别，因为同属于β-内酰胺类药物。