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小肠发炎与大肠发炎有时不易区分，均可表现为腹痛、腹泻、黏液脓血便、大便中出现红、白细胞，严重时也可发烧、腹胀。大肠炎症排便次数相对较多、量较少，大便中内容物较少；而小肠炎症大便量少、次数多。小肠发炎出现炎症或出血，需要在肠道中经过一段时间才能排出，所以一开始大便不会表现为鲜红。不论小肠或大肠疾病，均需通过检查诊断，如进行B超或CT检查，进而发现肠壁增厚、水肿，明确属于小肠炎症还是大肠炎症。肠道属于管状结构，可通过CT检测肠壁厚度，从外部寻找病因；也可通过内镜进行检查，如大肠可通过大肠镜检查，小肠可通过小肠镜检查，胶囊内镜也可检查小肠病变。