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细菌性肝脓肿和阿米巴肝脓肿的鉴别方法如下：1、细菌肝脓肿：一般细菌性肝脓肿临床症状比较重，患者会出现高热、肝区疼痛，有明显的诱因，比如肠道感染或者胆系感染，或者身体其他部位细菌性感染，然后细菌顺着肠道或者胆道进入肝脏，引起肝脏感染，所以一般是有原发灶，发热比较明显，肝区疼痛比较明显，大多数患者可以伴有寒战、肝区疼痛。另外，可以通过影像学检查，如超声或者CT来判断是不是细菌性的肝脓肿；2、阿米巴肝脓肿：一般临床症状比较轻，患者通常是低热，而且通常是有阿米巴肠病的基础，就是以阿米巴痢疾、阿米巴肠道感染为基础。患者可以长期腹泻，呈果酱样大便，主要鉴别诊断的方法是通过在大便里面发现阿米巴滋养体。