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肛瘘的微创手术费用根据不同资料病情、治疗方法不同而不相同。比如低位简单的肛瘘，住院时间短，用的方法也简便，可能几千元解决。但是比较复杂高位的肛瘘，需要挂线等治疗的情况，住院时间长可能会花费1-2万元。根据是否有合并症，例如住院期间有糖尿病、心脏病或其它病，用药物治疗的花费也比病情简单的病人，花费要高出几倍甚至更多。所以费用在临床根据病情、采用手术方法、住院时间长短、合并症不同而不同。