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无痛肠镜的麻醉与无痛胃镜以及其他的麻醉方式并没有区别，是通过在外周开放静脉通路后通过静脉给药来实现。所用的药物组合与做无痛胃镜时相同，也就是用少量的阿片类药物加上短效速效的麻醉药来实现。 肠镜的整个检查时长可能需要20分钟左右，如果是要做治疗的患者，可能需要的时间更长。如果做肠镜检查时发现肠子里有可以立即处理的息肉，通常消化科医生会与患者家属进行谈话和确认，然后进行切掉，这时可能需要进一步延长麻醉时间。总之，麻醉的时程会覆盖检查和治疗的整个过程，也就是在整个检查和治疗的过程中，患者都处于睡梦的状态。通常会在检查结束前提前停药，等肠镜退出后1-2分钟就能唤醒患者，然后在复苏室里短时间观察之后就能安全的回到家属身边。