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亚急性甲状腺炎的病程会持续多久，每个患者不一样，具体情况如下：1、2-3个月：一般亚急性甲状腺炎的规范治疗疗程约是2-3个月，它的特效治疗药物是泼尼松，对于这种药物的应用，应该要严格的按照医生的指导进行，因为部分些患者吃药以后立马不痛，认为自己病好，就把泼尼松迅速停掉，停后有可能会导致疾病又再次反弹加重，所以对于泼尼松药物的应用应该逐渐减量，并且要在医生的指导下逐渐减量；2、0.5-1年：有些人群患一次亚急性甲状腺炎以后有可能会反复的再犯，甚至会持续0.5-1年之久，对于这种情况，可能是由于患者经常感冒，因为亚急性甲状腺炎目前的病因和病毒感染有一定关系，所以如果不想自己的亚急性甲状腺炎再反复发作，建议患者适当的进行体育锻炼，并且尽可能的少感冒，才有可能减少亚急性甲状腺炎的发作次数。