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小便有咖啡色分泌物，可以从以下原因进行分析：1、尿道炎症和出血：小便有咖啡色分泌物，主要是尿道有炎症和出血。当尿路有炎症并出血的时候，炎症会产生一些分泌物，尿道出血以后红细胞溶解了，颜色可能变为咖啡色的分泌物；2、尿道肿瘤：如果泌尿系统里有肿瘤以后，尿液也会出现一些咖啡色的尿，或者有一些分泌物。这些咖啡色的分泌物，主要以尿液中血红蛋白增多，红细胞溶解为主要表现；3、其他：还有一些咖啡色的尿，可能和喝水、血红蛋白尿也有关系，和尿有关但出现分泌物，往往是感染引起的。化验分泌物里面有没有细菌、白细胞、红细胞，就能够了解这种咖啡色的分泌物是什么。同时要化验尿，明确蛋白是否增多。还要结合尿路的其他一些症状，如尿频、尿急、尿疼，有没有这些症状，如果有则需要做细菌培养，进一步检查，如做B超泌尿系彩超，了解有没有其他病变。如果没有其他问题，仅是尿道的一些疾病，有时抗感染以后效果不好，还需要进行尿道镜检查或者是分泌物的细菌培养，了解是什么细菌，来判断是什么原因。