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甲硝唑和奥硝唑都属于硝基咪唑类的抗菌药物，抗菌机制基本相同，抗菌谱也基本相似，主要对厌氧菌和滴虫具有一定抗菌和杀灭作用，但是也存在差异，具体如下：1、版本不同：甲硝唑属于第一代的硝基咪唑类抗菌药物，奥硝唑属于第三代硝基咪唑类抗菌药物；2、药理学作用：甲硝唑和奥硝唑相比，奥硝唑的抗菌作用更强，奥硝唑抗菌作用的时间也比甲硝唑要长，因此奥硝唑做比甲硝唑具有更好的抗菌作用；3、不良反应：甲硝唑主要的不良反应是胃肠道反应，奥硝唑虽然也会有胃肠道反应，但是不良反应通常比甲硝唑轻，而且发生率也有所降低。甲硝唑和奥硝唑属于同一类的抗菌药物，奥硝唑的抗菌作用相对比甲硝唑要强，不良反应也比甲硝唑要轻。