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早上起来小腹疼痛的原因，可能包括以下几方面：1、胃肠道功能紊乱：表现为有时痛，有时不痛，呈间断性表现，有时候伴有腹胀、大便性状改变等。如果属于这种情况，可以口服益生菌和降低肠道痉挛或降低肠道刺激敏感的药物，如援生力维、得舒特等，一般可以缓解症状；2、胃肠道器质性病变：如果针对功能性疼痛采用的治疗措施没有效果，需要检查是否存在引起小腹疼痛的器质性病变，器质性病变是指腹腔中的脏器出现病变，如小肠肿瘤，包括间质瘤等，炎症，如克罗恩病等，结核、血管瘤等需要进行检查，除了小肠病变可能还有结肠病变，如溃疡性结肠炎等；3、其他：如果患者为女性，需要明确是否患有妇科炎症。如果患者为男性，需要明确是否存在膀胱、前列腺、精囊腺炎症或肿瘤等疾病，需要进行相关检查。