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奥美拉唑整体而言比较安全，并不会有太多副作用。但如果长期服用，则可能会带来副作用，包括形成胃底腺的息肉，即胃息肉增生，可以引起肺部感染、骨质疏松、电解质紊乱等比较常见的问题，短期服用几个月则不会有问题。另外，对于质子泵抑制剂，除奥美拉唑外，埃索美拉唑、雷贝拉唑都存在同样问题，长期服用以后因为过度抑制胃酸分泌，导致分泌胃酸的细胞反应性增生，增生后会形成胃息肉，但大多数是良性，目前没有恶变报道。并且长期服用抑制胃酸的药有时会导致社区获得性肺炎，影响电解质吸收或导致钙、镁的电解质紊乱，并且引起骨质疏松的问题，但相对比较少见。