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二甲双胍对肝、肾基本没有影响。但二甲双胍经过肾脏排泄，基础肾功能不佳时，会用GFR，即肾小球滤过率进行判断。GFR≥45ml/min时，二甲双胍的使用不受限制；GFR＜45ml/min时，不推荐使用二甲双胍；如果≥60ml/min，可以放心使用，不受限制。若患者做造影时，需停用二甲双胍，因为造影剂经肾脏排泄，此时不停药会使两者的排泄均受到影响。二甲双胍也不伤肝，但如果患者有基础性肝病，比如病毒性肝病、自身免疫性肝病时，不推荐使用二甲双胍，因为肝病会影响二甲双胍的代谢，并不是二甲双胍本身会伤肝。如果是单纯脂肪肝造成的转氨酶升高，则可以使用二甲双胍，因为它可以抑制肝脏糖异生，从而减轻体重，对于治疗脂肪肝有一定好处。