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靶向治疗进行基因检测的费用差别很大，并不能一概而论，费用2000-20000元不等，基因检测的费用取决于所使用的基因检测方法，患者可以根据自身能力以及病情需要，选择合适的基因检测手段。1、免疫组化方法：一个指标是100-200元；2、荧光原位杂交方法：费用大概2000-3000元；3、测序方法：PCR测序方法费用大概在2000-3000元，如果采用二代测序的方法进行基因检测，价格稍高，大概6000-20000元，该差别主要取决于一次所检测的基因数目。如果一次检测数目多，费用就会高。靶向治疗是治疗恶性肿瘤的新兴治疗手段，主要针对恶性肿瘤细胞上的特异性靶点起作用，在靶向治疗前需要进行基因检测，目的是寻找到靶向治疗的靶点，从而使靶向治疗更加准确。