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在临床上，并没有下呼吸道感染最佳的用药。下呼吸道感染的最佳用药，通常是各种不同类型的抗感染药。因为无论是哪种病因导致的下呼吸道感染，止咳、化痰、解痉、平喘的用药都相同。所谓不同之处，就是不同类型的抗感染治疗。不同类型的抗感染治疗，主要是依据导致下呼吸道感染的不同病原体，可以采取不同的抗生素。无论下呼吸道感染是支气管炎、肺炎、胸膜炎，如果导致支气管、 肺炎、胸膜炎是结核，就要选择抗结核的抗生素。如果导致下呼吸道感染的病原菌是各种革兰氏阳性球菌或革兰氏阴性杆菌，可以选择不耐药的广谱抗生素。如一代、二代、三代、四代类的头孢，以及碳青酶系列的抗生素。至于选择一代、二代、三代，还是四代，主要依据感染的严重程度。通常不同类型的肺炎，一定比支气管炎要严重。如果导致下呼吸道感染的原因是真菌，就要选择不同类型的抗真菌药。如果分析导致下呼吸道感染的是耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌，选择抗生素就要选择糖肽类，譬如万古、替考拉宁、利奈唑胺等。如果导致下呼吸道感染的是耐药的革兰氏阴性杆菌和不耐药的革兰氏阳性球菌，可以选择几种酶制剂，如头孢哌酮、舒巴坦、哌拉西林、他唑巴坦。对于下呼吸道感染，不同类型的感染，主要是抗感染。抗生素的选择需要依据导致下呼吸道感染的致病菌，单独用药或者联合用药。