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腹腔灌注化疗主要应用于卵巢癌、胃癌，或者其他消化道肿瘤转移到腹膜，然后导致腹水的情况，其副作用主要有以下几种：1、腹腔穿刺点出血：腹腔灌注化疗需要穿刺，药物直接进入腹腔，因此会有腹腔穿刺点出血的可能，如果穿刺到比较大的血管，会出现比较难以止住的出血；2、腹痛、肠穿孔：化疗药物直接作用于腹膜和肠管表面，可能会给病人造成严重副作用，严重的可能会造成肠穿孔。而腹膜和肠管表面的神经系统相对丰富，大部分病人经过腹腔灌注化疗后，会出现比较严重的腹痛；3、肠道粘连：腹腔灌注化疗对肠管、腹膜会造成一定的影响，会抑制腹水的生成，可能会产生轻度炎症，容易导致肠道粘连；4、骨髓抑制即：白细胞下降、血小板下降或者贫血等。腹腔灌注化疗的副作用较大，通常配合全身的静脉化疗使用。