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第二代试管婴儿主要是适合受精障碍的患者，即精、卵不能够自然结合的患者。这类患者多见于男性，如重度的少、弱、畸形精子症。将此男性的精子与母体的卵子放在培养皿里，精子和卵子并不能够自己完成受精过程。女性卵母细胞出现异常，亦可能导致精卵不能自然结合。这类患者就需要选择第二代试管婴儿。第二代试管婴儿是在高倍的显微镜下，将卵母细胞固定在一端，另一端有比头发丝还要细的针，将一个精子抓到针里，然后注射到卵母细胞中，被动激发受精过程完成。第一代试管婴儿是将精子和卵子放在培养皿里，让其自己完成受精过程。第二代试管婴儿是被动性的，包含人为操作因素。所以第一代、第二代试管婴儿，为针对不同的人群采用的方式。第一代试管婴儿，精子和卵子的自然结合无异常。第二代试管婴儿，主要针对精子和卵子的自然结合有异常的患者。采取第二代试管婴儿，并非因为其技术比第一代试管婴儿高级，而是针对不同的适应证来进行选择。如果精子和卵子无法自然结合的患者，建议做第二代试管婴儿，如果精子和卵子可以自然结合，建议做常规的第一代试管婴儿。