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川崎病确切的病因目前不清楚，但是研究与以下因素有关：1、与遗传因素有关：迄今已经发现了至少10个以上与川崎病发病密切相关的基因，就是有这些基因的孩子，容易得川崎病；2、与感染有关：尤其是和一些呼吸道类病毒，比如流感病毒，目前全世界流行的新型冠状病毒密切相关，也就是这些病毒感染可以诱发川崎病的发生，也有人研究与链球菌感染有关系。但是目前没有一种病毒或者细菌，能够完全解释川崎病所有的表现和疾病的进展；3、与环境因素有关：现在的研究发现，有一些川崎病的孩子与周围水体有关系，比如全世界川崎病发病率最高的日本，主要是日本是一个岛国，四周都是海有很大的关系。而有一些内陆为主的国家，川崎病的发病率没有日本这么高；4、其他原因：还有其他的一些与川崎病发病相关研究表示和早产有关系，与吸二手烟有一定关系，与一些疾病的因素有一定关系。目前确切导致川崎病的发生的直接病因，并没有肯定的结论。因为目前任何不管是病毒、细菌还是基因缺陷，都不能完全解释川崎病所有的表现和病理生理的改变。