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进行肛瘘手术需要灌肠，具体灌肠方式与就诊科室有关，就诊于中医肛肠科时，患者病情可能较轻，因此术前一般需要清洁灌肠。若为高危复杂性瘘管手术，创面较大、界限较高，则需要应用药物或结合清洁灌肠进行术前准备。 如果存在肠瘘，肠道准备需要更加充分，患者需要口服抗生素并结合甲硝唑等药物外用，进行肠道准备。此外，应用甘油灌肠剂将粪便充分清除对手术以后的创面感染的预防，以及创面愈合存在益处。