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正常人基因里面都含有唇腭裂的风险基因，但是多数情况下不会发生唇腭裂。目前的调查研究显示，父母或者双方直系亲属三代以内有类似疾病的患者，患儿的遗传几率会大大增加。同时唇腭裂的发生也与其他的因素，如营养因素缺乏叶酸，还有辐射，孕妇怀孕尤其前三个月滥用药物如抗生素、止痛剂等因素都是有关系的。所以从遗传角度，父母双方直系亲属有类似显性症状表现的遗传几率更大。