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溃疡性结肠炎的病变部位主要限于大肠黏膜和黏膜下层，呈持续性的弥漫性的分布。其病变大多数都是从直肠开始，然后逆行向近端发展，可以累及全结肠以及回肠末端。由于结肠的病变限于黏膜与黏膜下层，所以很少累及深部肌层，所以它并发肠穿孔、瘘管和周围脓肿的情况非常少见。少数的重症患者病变累及结肠壁的全层可以导致中毒性巨结肠，这个时候肠壁重度充血，肠腔膨大，肠壁变得非常薄，溃疡累及肌层及浆膜层可以导致急性穿孔。当病变时间＞20年的患者，他发生癌变的几率比正常人大约要多10-15倍。