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造血干细胞移植在现阶段还是很多疾病唯一的可以治愈的方法。但是造血干细胞移植始终是非常复杂的治疗方法，也同样会面临很多的风险，包括感染、出血、器官功能的损害，移植后的移植物抗宿主病、排斥等表现，还有出血性膀胱炎等表现，还有复发的问题。移植后无论是良性疾病的患者还是恶性疾病的患者，都可能要面临复发的问题。还有造血干细胞移植过程中要使用到化疗药物或者放疗的治疗，对患者的生育能力是有相关的影响，这些手段也可能会引起肿瘤的可能。如果良性疾病的病人，有可能会发生肿瘤，恶性疾病的病人可能会发生二重肿瘤。