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当智齿发生阻生后，它的颌面及远中软组织不能退缩或者是退缩较迟，在牙冠表面形成龈瓣，由于龈瓣较厚，质地较硬，反过来可以阻碍牙齿的萌出，因而加重了牙齿的阻生。牙冠可能部分或全部为龈组织覆盖，在龈瓣与牙冠之间形成较深的盲袋，食物碎屑极易嵌塞于盲袋内，为细菌繁殖提供了良好的生态环境。当冠部的牙龈因为受损形成溃疡时，或者全身抵抗力低下时，局部存在的正常菌群失调，从而引起冠周炎的急性发作。关于冠周炎的细菌学经过多年研究，没有发现有特殊的病原菌，它与一般口腔的感染相同，为口腔常见菌群的混合感染。近年来，随着厌氧菌培养技术的改进，厌氧菌在冠周炎发病中的作用已经引起了广泛的关注。