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错颌畸形的病因从概念上已经有所体现，错颌畸形的病因包括先天遗传因素和后天环境因素。先天遗传因素属最基本因素，可以观察到任何人身体上的部分性状，包括牙齿大小、形态、位置排列，与其父辈有相像之处，这就是遗传因素最基本的表现。但是错颌畸形遗传属于多基因遗传而不是单基因遗传，要追究遗传原因，很难确定哪几个密码子的问题。此外就是环境因素，后天环境因素中指疾病，部分属于全身疾病或在母体中牙胚发育时期的部分疾病原因导致牙列发育异常，此外牙列已经长出之后部分替牙的障碍，或者是儿童口腔的不良习惯导致的替牙障碍，都是错颌畸形常见的病因。