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真菌性角膜炎一般不会引起头痛，因为它的反应比较轻，它主要不是病变侵犯到了神经。三叉神经一般分为三个支，比如眼支、上颌支和下颌支，当病变影响到三叉神经的眼支时，才会引起头痛，而真菌性角膜炎主要侵犯角膜的实质层，一般不会引起三叉神经的病变，所以一般来说真菌性角膜炎不会引起头部的疼痛，主要是引起眼部的一些病变刺激症状，自觉症状比较轻，主要表现为眼部轻微的卡压、异物感，没有侵犯三叉神经，一般不会引起头部疼痛。