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颅内感染对大脑的损害不同，其后遗症的差别很大。轻型的病毒性脑炎治愈后可完全恢复，无后遗症；中型的颅内感染可损坏部分大脑细胞，导致一些后遗症如精神障碍、记忆力减退、智力减退、学习能力下降或反复发作的癫痫；更严重的颅内感染，可导致一些不可逆的损伤，如痴呆、生活不能自理甚至死亡。所以，根据感染的病原体不同，其后遗症从无症状至死亡，症状不同。此外，亦与治疗的医院、治疗的程度以及治疗的及时性和准确性有关。