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胚胎停育的原因有很多种，比如子宫的解剖因素，纵隔或者单角子宫，子宫发育不全、炎症或者一些内分泌的因素，比如黄体支持不够，或者本身的黄体功能低下；但是大部分的胚胎停育都源于胚胎本身的问题，比如胚胎本身染色体异常，非整倍体胚胎多一条或少一条，缺失、重复等等，这些都可能导致胚胎停育；还有一些可能是炎症引起的；还有一些免疫性因素引起的胚胎停育；还有一部分是目前为止，排除了各种原因，仍然找不到原因，叫做不明原因的胚胎停育。