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对于巨结肠的治疗，新生儿和婴幼儿早期采用物理疗法和中西医结合疗法维持营养，争取在合适的时机做根治性手术；儿童巨结肠以手术根治为主，辅以中西药结合治疗。巨结肠的治疗有以下四个方面1、保守治疗，对于诊断不明确的新生儿，症状轻微的便秘可以采取保守治疗，比如扩肛等；2、结肠灌洗，适用于诊断尚未肯定的病例，用于来确诊病例的术前准备；3、结肠造瘘，已经确诊的病例通过灌肠不能够缓解症状，又因为多种原因没有根治手术条件的病例，就采取这种方法；4、根治手术，随着对巨结肠的认识和不断加深，新生儿的重症监护水平的提高，有很多的新生儿孩子可以达到根治手术的手术条件。临床上根据不同的巨结肠症状，采取不同的治疗方法。