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从临床上来讲，咽炎的病因往往从几个方面来考虑。部分过敏性疾病可以引起咽炎，胃食道反流也可引起咽炎。最大的一类是感染性原因引起的咽炎，其中危害最大的是溶血性链球菌感染引起的，它会继发全身的并发症。溶血性链球菌感染引起的全身并发症有心肌炎、肾炎，会对全身造成很不好的反应，而链球菌性咽炎指的是溶血性链球菌感染引起的咽炎的一种。扁桃体位于咽腔中，扁桃体最常见的细菌感染是溶血性链球菌引起。对于这种链球菌感染引起的咽炎，往往合并有链球菌感染的扁桃体炎。所以这两种疾病要合并起来进行治疗，首选青霉素和头孢类的抗生素，以免引起更严重的全身并发症。