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试管婴儿理论上不会发生宫外孕，移植胚胎时，通常放置于子宫内膜最好的位置或放置于子宫腔最中央的位置。胚胎放进后需游动3-4天才可植入子宫内膜。若宫腔条件欠佳、内膜不规整，找不到适合地方时，可游走到输卵管。因自然周期是在输卵管受精，在输卵管形成囊胚，再从输卵管往子宫腔内游走。因此，试管婴儿有可能会造成宫外孕，但发生率较少。