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胃肠功能紊乱分为功能性的和器质性的。常见的器质性问题有内科疾病肠炎、过敏引起的胃黏膜损伤；外科疾病肠旋转不良引起的呕吐、巨结肠引起的腹胀、便秘。如果排除了器质性问题，患儿还有胃肠症状，就属于功能性的胃肠功能紊乱。其处理方法主要有：母乳喂养时，母亲注意清淡、易消化的饮食；新生儿可以口服益生菌调节肠道功能的药物。