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不同病因引起的角膜炎，药物使用及选择有所不同。细菌性角膜炎可采用头孢菌素、氧氟沙星、左氧氟沙星、诺氟沙星等，配合使用小牛血去蛋白提取物促进角膜修复，普拉洛芬可减轻角膜炎症反应，严重者可使用激素类眼药水，如地塞米松；病毒性角膜炎可选择阿昔洛韦眼药水、病毒唑、更昔洛韦眼膏等；真菌性角膜炎可选用氟康唑、伊曲康唑、纳他霉素、两性霉素眼药水等。