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肠功能紊乱能否自愈，一般与它发生的机理有一定的关系。如属于短期的肠道功能失调，则可通过自身调节实现自愈。如已超过6个月，甚至多年的肠功能紊乱，则很难自愈，还需通过药物进行干预治疗。治疗药物需根据患者的症状进行选择，如患者有腹痛症状，需适当使用解痉药，如曲美布汀、匹维溴铵；如患者伴随腹泻或便秘，也应对症治疗。