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卡氏肺囊虫为一种微生物，约30年前被归类为原虫，1988年后被归类为真菌，因此卡氏肺囊虫肺炎为真菌性肺炎。此外，卡氏肺囊虫主要侵犯人群为免疫力低下患者，如艾滋病患者易伴发卡氏肺囊虫肺炎。恶性肿瘤放化疗后免疫力低下患者，以及移植患者，如骨髓移植、肾移植患者长期使用免疫抑制剂，免疫力严重下降，此类患者易出现卡氏肺囊虫肺炎。