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免疫组化的目的主要为进一步判断病变是否为癌症，并非代表一定为癌症。例如宫颈疾病常进行p16检测，在与萎缩性或非典型划分病变不易区别时，若p16显示强阳性则提示病变可能为高级别的上皮内瘤变或癌。免疫组化一般是用于判断组织来源，而并非完全判断肿瘤性质，可通过HE染色判断。免疫组化有时可助于判断肿瘤性质，如p53、KI-67等，正常组织无p53表达，而KI-67检测，可根据其增殖指数进行分析。