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脊索瘤患者多具有营养不良、贫血等恶性肿瘤症状。此外，发病部位、肿瘤大小不同，症状也有所差别。颅底的脊索瘤，患者表现为视物模糊、双影、头痛、颈部疼痛、吞咽困难等；腰骶部脊索瘤，患者表现为腰骶部、骶尾部、下肢疼痛以及下肢无力等症状，并且在臀部、骶尾部可直接触摸到肿块；骶尾部脊索瘤，除疼痛以外，患者可表现为大小便困难，甚至尿失禁。若脊索瘤晚期发生转移，可出现转移部位相应症状。