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先天性尿道下裂的发病率约为3‰，正常出生的1000个男孩子中有3个发生先天性尿道下裂，近几年先天性尿道下裂的发病有逐渐上升的趋势。先天性尿道下裂发病的原因有很多，起决定性作用的因素暂时不清，可能与遗传因素、基因异常表达、宫内雌激素水平有密切的关系。