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贲门间质瘤是发生于贲门区的胃肠道间质瘤类型之一。间质瘤的病灶位于肌层内，即特殊类型的肌肉组织与神经组织，Cajal细胞在胃肠道、泌尿道、呼吸道均存在，其DNA部分区段的碱基对出现缺失或错位，将导致间质性肿瘤的发生。贲门间质瘤的发病率较高，但因研究彻底，治疗效果理想。肿瘤体积较小时，可通过手术根治，随着肿瘤体积的增大，恶变几率也将增加。