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脑脓肿晚期多依据脓肿部位、发展时期，而采用不同的外科治疗手段。外科治疗需结合其它全身治疗，如抗生素治疗、减轻脑水肿治疗、全身营养支持治疗等，较之前脑脓肿的治愈率有明显提升，临床多数患者通过系列治疗后，疗效较好。脑脓肿治疗过程中的并发症与侵犯的功能区相关，可引起偏瘫、失语、神经功能障碍、神经功能缺失。如果细菌感染灶未得到有效压制或彻底清除，则有复发可能。脑脓肿治疗应尽可能将感染灶彻底清除，同时全程抗生素治疗，才能获得较高的治愈率。