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尿结石分为代谢性结石与感染性结石两类。代谢性的结石多由于代谢性疾病引起，如尿酸结石、胱氨酸结石，其原因明确，由高尿酸血症、高胱氨酸血症所引起。另外，甲状旁腺功能亢进及其他代谢性疾病，均可能引起结石。感染性结石是因为泌尿系统发生感染，脲酶菌分解尿素时产生的杂质形成了结石的核心。一些含钙结石的形成原因存在各种学说，但至今尚未明确，增加了结石的预防难度。