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一旦出现隐球菌肺炎，患者要积极治疗，去除病因并提高免疫力，如糖尿病病人需将血糖控制达标，随后针对细菌进行对因治疗。对于隐球菌较敏感的药物包括氟康唑，部分病人使用氟康唑无效，则需要用抗真菌药物中的两性霉素B等进行治疗，但副作用较大。隐球菌肺炎的治疗难度比普通肺炎更大，且疗程较长，所以免疫力低下的人群要保护好自己，一旦出现隐球菌肺炎，需尽快到正规的医院接受规范的治疗。隐球菌肺炎属于真菌性肺炎，而真菌肺炎与细菌性相比治疗较困难。通常情况下，免疫力低下的人群易感染真菌，包括隐球菌肺炎，如存在糖尿病、艾滋病、肿瘤或进行移植的病人中易发生。