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女性肚子疼就诊科室需根据位置和检查情况而定，主要为妇产科和普外科，具体如下：1、下腹偏右疼痛：考虑是否存在蒂扭转或宫外孕破裂等妇科疾病或普外科阑尾炎；2、中下腹疼、脐周脐下疼痛：考虑泌尿外科膀胱炎、泌尿系统感染以及膀胱结石；3、左下腹痛：考虑泌尿外科结石、克罗恩病或溃疡性结肠炎；4、脐周痛：考虑肠梗阻，两侧疼痛多考虑结肠问题；5、上腹痛、右上腹、左上腹：考虑普外科胆囊、胰腺以及肝脏异常。特殊情况右下腹痛，检查发现为大叶性肺炎，可就诊于呼吸科。女性肚子疼需要明确位置，针对检查最终决定就诊科室。